Wiek XVI wiąże się w Wielkiej Brytanii w dużej mierze z Pielgrzymką Łaski (ang. Pilgrimage of Grace), czyli z powstaniem na tle religijnym z 1536 roku. Powstanie dotknęło także i Hull.
Pilgrimage of Grace rozpoczęło się na północy Anglii. Ludność zamieszkująca Wielką Brytanię chciała za jego pośrednictwem wyrazić swój sprzeciw wobec rozłamu w kościele, jakiego dokonał ówczesny król, Henryk VIII. Poddanym nie podobało się również to, że z rozkazu władcy w Anglii niszczono kościoły i klasztory katolickie.
Historycy przyjmują, że powstanie wybuchło 13 października w Yorku, choć wiadomo, że pierwsze przejawy buntu chłopi okazywali już o kilka dni wcześniej. Bardzo szybko do powstania dołączali kolejni przedstawiciele ludu – w sumie w Pielgrzymce Łaski walczyło około 40 tysięcy angielskich chłopów. W obliczu tak dużego powstania oddelegowani przez Henryka VIII do rozprawienia się ze zbuntowanymi chłopami Thomas Howard i George Talbot rozpoczęli pertraktacje, by zyskać na czasie. Podczas rozmów obiecano uczestnikom powstania, że zostaną uniewinnieni, a w Yorku zwołany zostanie parlament, który będzie miał za zadanie zapoznać się z postulatami uczestników Pielgrzymki Łaski. Niestety, król nie dotrzymał obietnicy, na którą przystali chłopi.
Powstanie mocno dotknęło także Hull, którego władze początkowo nie chciały wpuścić za mury miasta uczestników rebelii. Ostatecznie jednak zmieniono decyzję i zbuntowani chłopi wtargnęli do miasta.
W 1539 roku klasztory znajdujące się w Hull zostały zamknięte na rozkaz monarchy. Udało się jednak zachować przytułek dla chorych – trafił on w ręce władz miejskich.
Lata 40. XVI wieku to czas, w którym umacniano system obronny miasta. Król zdecydował o wybudowaniu wokół miasta małych fortów obronnych. Jeden z nich znalazł się naprzeciw północnej bramy wjazdowej do Hull. W okolicy wybudowano również mały zamek oraz (nieco później) most łączący oba brzegi rzeki. Dotychczas, aby przedostać się z jednego brzegu na drugi, konieczne było skorzystanie z promu.
W XVI wieku transport towarów za pomocą statków wpływających i wypływających z portu w Hull nadal odbywał się bardzo prężnie – wciąż eksportowano lokalne towary i importowano między innymi wino z Francji czy bursztyny ze Skandynawii.
Rybacy wypływający z Hull nadal cieszyli się dużymi połowami – tym razem jednak kierowali się głównie na wody otaczające Rosję czy Norwegię – nie zaś Islandię, jak dotychczas.
Pod koniec XVI wieku pojawiły się plany wybudowania w Hull stoczni. Udało się je zrealizować dopiero na początku kolejnego stulecia. Rozwój miasta wkroczył w nową erę.